El 1 de Agosto de 1209, los cruzados de Simón de Montfort pusieron sitio a la ciudad que se rindió quince días después debido a la falta de agua y al encarcelamiento de su negociador y jefe Raymond-Roger Trencavel. En 1240 su hijo, Ramón II Trencavel, intentó recuperar la ciudad y fracasó. El burgo que rodeaba entonces la Ciudad Fortificada Medieval, compuesta por la parroquias de San Vicente y San Miguel, fué arrasado. En 1247, tras someterse los Trencavel, San Luis arrasó la villa y condenó a la población a siete años de éxodo. Transcurrido ese plazo, los dejó volver pero obligándoles a instalarse en la orilla izquierda del río Aude, en una Bastida comstruída según un plano en forma de damero.

San Luis recuperó la Cité y la reforzó para incorporar al reino de Francia sus nuevas adquisiciones territoriales. Su hijo, Felipe el Atrevido, hizo de Carcasona una ciudad inexpugnable.
Durante la Guerra de los Cien Años, en 1355, Eduardo de Woodstock, Príncipe de Gales, más conocido como el Príncipe Negro no se atrevió a atacarla y se contentó con quemar la ciudad baja.
En 1590, durante las Guerras de Religión, la Ciudad Fortificada, al contrario que la Bastida, no reconoció a Enrique IV como Rey de Francia debido a su condición de hugonote. Un violento conflicto dividió la ciudad durante meses hasta que, tras el Tratado de los Pirineos (1659), la Ciudadela perdió su función de puesto fronterizo y su preeminencia.

Situada junto al Aude y al Canal del Midi, es una ciudadela medieval con doble muralla (fines del Siglo V y Siglos XII y XIII).

Posee el Castillo Condal, del Siglo XII, adosado a la muralla galo-romana, la Iglesia de Saint-Nazaire (Siglo XI), románica, con cabecera gótica, estátuas y vidrieras. Basílica de Saint Celse (Siglo XIV).
La Muralla interior: parte de traza visigótica del Siglo VI reformada y elevada en el Siglo XIII.
La muralla exterior: construída por San Luis y terminada por Felipe el Atrevido.
Destacan: la Puerta de Narbonne (Siglo XIII), que defendía la entrada a la ciudad fortificada; la Torre de Trésau; las lizas, grandes espacios abiertos donde se celebraban las justas y torneos; la Puerta de Aude; la Torre de La Vade.
En la parte baja de la ciudad: el antiguo puente o Pont Vieux sobre el río Aude. Fué, hasta el Siglo XIX, el único puente entre la Bastida y la Ciudadela Medieval. La Catedral gótica de Saint-Michel, la Iglesia de Saint-Vincent; la capilla carmelita, del Siglo XIII. La Capilla de Notre Dame de la Santé (Siglos XVI-XVII). Construída en 1527, se encontraba junto al Hospital de Saint-Jacques (Santiago Apóstol). Marca el inicio del camino de piedemonte pirenaico hacia Saint-Jean-de-Pied-de-Port en dirección a Santiago de Compostela.

Ver Rutas Jacobeas

La doctrina cátara, basada en la separación absoluta entre el principio del Bien y del Mal, y sólo conocida por las personas iniciadas, se basaba en el secreto detentado por los profesos. Por su búsqueda de la pureza y su sentido de la austeridad, consiguieron numerosos adeptos entre los descontentos con la relajación de costumbres existente en la Iglesia Católica.
La doctrina cátara llamada de los albigenses por tener su centro en la ciudad de Albi, surgió en el Lemosín a fines del Siglo XI y se extendió durante el Siglo XII por el Sur de Francia: Toulouse, Carcasona, Narbona, Foix y Béziers fueron los principales focos. Considerados como heréticos y combatidos por el rey y la iglesia, perecen en las matanzas y hogueras que en aquella época, ensangrentaron todo el Sudoeste de Francia.
Muchas fueron las ciudades y las aldeas de Midi-Pyrénées que sufrieron la tragedia de las cruzadas contra la herejía cátara como:

• Minerve: La ciudad fortificada de Minerve, refugio de piedra en occitano, construída sobre un promontorio rocoso entre las gargantas del río Cesse y de Brian, está rodeada por profundos cañones excavados por torrentes. Destacan: Ruinas del Castillo, Iglesia de Saint-Etienne (Siglo XII), la Malvoisine, reproducción de la catapulta que destruyó la ciudad.
• Termes: Situado en la sierra de Les Corbières, sobre la localidad del mismo nombre.

Los cuatro castillos de Lastours, las tors en occítano, Cabaret, Tour Régine, Surdespine y Quertinheux, edificados sobre el mismo espolón rocoso, sobre el valle del río Orbiel, en el corazón de la sierra de la Montaña Negra, constituyeron desde el Siglo XI hasta la Revolución, un importante bastión defensivo, el cerrojo de la región de Cabardes. En 1208, el Papa Inocencio III (1209-1229), lanzó una cruzada contra los herejes cátaros que tenían numerosos adeptos. Esta cruzada, llevada a cabo por Simón de Montfort, sometió la región a fuego y sangre antes de conseguir aplastar la rebelión.
Para escapar a sus asaltantes, los cátaros se refugiaban en unas fortalezas inexpugnables, encaramadas sobre unos promontorios escarpados. Tras años de lucha, todas cayeron y fueron enteramente quemadas. Esas fortalezas míticas, símbolo de la resistencia de los cátaros, se yerguen, desafiantes, en medio de un paisaje agreste.
Los últimos en caer fueron el castillo de Montségur en 1244, y el castillo de Quéribus en 1255.

Lastours: Las tres torres cátaras, más una cuarta erigida siglos después, integraban la línea de defensa del sur de Francia.

• Castillo de Montségur: En un lugar muy agreste, encaramado en lo alto de su «pog» o espolón rocoso, a 1207 metros de altura, el Castillo de Montségur recuerda el holocausto de la Iglesia cátara, último episodio importante de la Cruzada contra los Albigenses. A partir de ese momento, el Languedoc quedó sometido al poder central de los Capetos.
  El asedio de Montségur, dirigido conjuntamente por el senescal del rey de Francia en Carcasona, Hugues des Arcis, y el obispo de Narbona, Pierre Amiel, empezó en 1243 y se prolongó durante 11 largos meses, al final de los cuales, el 16 de marzo de 1244, los asediados se rindieron. Estos últimos se negaron a renegar de su religión y fueron quemados vivos tras haber sido capturados. Una vez realizada esta lió fidelidad al rey de Francia, poniendo fin para siempre al episodio cátaro de Montségur.
• Castillo de Peyrepertuse: Antigua plaza fuerte de la comarca de Corbières durante la Edad Media. La fortaleza estaba formada por dos edificaciones diferentes situadas en el mismo promontorio rocoso de 300 metros de longitud. El castillo feudal inferior perteneció desde 1162 a los soberanos aragoneses y permaneció al margen de las revueltas cátaras. En 1240 se rindió sin apenas resistencia, al senescal de Carcasona, quien lo ocupó en nombre del rey francés. Por el tratado de Corbell (1258) se convirtió en una plaza fuerte francesa frente al Rosellón español.