Después de la crucifixión de Jesús, en el segundo cuarto del Siglo I, se registra en el libro bíblico de
los Hechos de los Apóstoles, que uno de sus doce discípulos, Simón Pedro, un pescador de Galilea, ocupa una
posición de liderazgo entre sus seguidores, teniendo gran importancia en la fundación de la Iglesia cristiana.
Simón Pedro, después de un ministerio de unos treinta años, viajó a Roma. En el Año 64, durante el
reinado del emperador Nerón, los cristianos fueron responsabilizados del gran incendio de Roma, por lo que Pedro fué
martirizado, al igual que otros muchos cristianos. Fué crucificado cabeza abajo, por petición propia, porque consideraba
indigno morir de la misma manera que lo hizo Cristo. La crucifixión tuvo lugar cerca del obelisco egipcio que había en
un extremo del Circo de Nerón. Este obelisco fué traído desde la ciudad de Heliópolis por Calígula en
el Aáo 37 D.C. Se encuentra actualmente en la Plaza de San Pedro, y es venerado como un «testigo» de la muerte del apóstol.
Es uno de los varios obeliscos antiguos de Roma.
Según la tradición, los restos de Pedro fueron enterrados a las afueras del circo, en la Colina Vaticana, avanzando por la Vía Cornelia, que partía del Circo, a menos de 150 metros del lugar de su muerte. La tumba de Pedro estaba marcada por una roca de color rojo, símbolo de su nombre, que les servía a los cristianos para identificarla y, al mismo tiempo, carecía de sentido para los no cristianos, lo que evitaba posibles represalias. Años más tarde, en este lugar se construyó un santuario, que casi 300 años después se convirtió en la Antigua Basílica de San Pedro.
Erigida en el lado derecho del río Tíber, junto al Monte Vaticano, su origen se remonta al reinado del emperador Constantino quien, en 324, mandó levantar en este lugar, ocupado por una antigua necrópolis en la que se creía estaban enterrados los restos de San Pedro, una basílica. Con el pontificado de Nicolás V y Julio II, se iniciaron las obras para sustituir la primitiva construcción que amenazaba ruina.
En la tradición católica, la basílica es el lugar de entierro de San Pedro, uno de los doce apóstoles de Jesús de Nazaret, primer obispo de Antioquía, primer obispo de Roma y, por lo tanto, el primero de los pontífices. La tradición y las evidencias históricas y científicas sostienen que la tumba de San Pedro está directamente debajo del altar mayor de la basílica. Por ello, muchos papas han sido enterrados en San Pedro desde la época paleocristiana. En el sitio de la actual basílica han sido construídas iglesias desde el Siglo IV. La construcción de la actual basílica, sobre la antigua basílica constantiniana, comenzó el 18 de abril de 1506, y finalizó el 18 de noviembre de 1626.
La antigua basílica fué construida en el lugar donde se encontraba la tumba de Pedro, no lejos del circo de Nerón. Las obras fueron ordenadas por el emperador Constantino, a expensas del papa Silvestre I: Comenzadas entre el 326 y el 330, finalizaron 30 años después. Ante el altar mayor de esta iglesia fueron coronados muchos emperadores, como Carlomagno, a quien el papa León III impuso la corona imperial el día de Navidad del Año 800.
Situado bajo la cúpula, en el crucero, está enmarcado por el monumental baldaquino de San Pedro, obra de Gian Lorenzo Bernini, construído entre 1624 y 1633. Realizado en bronce extraído del Panteón, presenta una altura de 30 metros. Está sostenido por cuatro columnas salomónicas a imitación de las del Templo de Salomón y el tabernáculo de la antigua basílica, cuyas columnas se recuperaron y se colocaron como adorno en los pilares de la cúpula de Miguel Angel. En el centro, a la sombra del baldaquino, rodeado por el inmenso espacio bajo la cúpula, se encuentra el altar papal, un bloque de mármol blanco, y sobre él un crucifijo de bronce y un juego de siete candeleros, en el cual solamente el papa puede celebrar la Eucaristía en ocasiones solemnes. Fué colocado verticalmente sobre la tumba de San Pedro y consagrado el 5 de junio de 1594 por el papa Clemente VIII. Este altar es conocido como «Altar de la Confesión», al estar situado sobre el lugar conocido como «Confessio», la tumba del Apóstol que, con su martirio, confesó su Fé.
La Basílica de San Pedro es una de las cuatro basílicas papales o basílicas mayores de Roma. Las otras son: Archibasílica de San Juán de Letrán, actual Catedral de Roma, Basílica de Santa María la Mayor y Basílica de San Pablo Extramuros.
La Cátedra de San Pedro o cátedra es una silla antigua que se supone fué utilizada por San Pedro, pero que en realidad fué un regalo de Carlos el Calvo, y utilizada por varios papas. Ocupa una posición elevada en el ábside, apoyada sobre los Doctores de la Iglesia, e iluminada por el Espíritu Santo.
Constituído por los Acuerdos de Letrán (11.02.1929), el Vaticano goza de plena soberanía e independencia, siendo el Papa su jefe supremo. Este ostenta los poderes ejecutivo, legislativo y judicial, asistido por un secretario de Estado. El Papa es elegido de por vida por los miembros del Sacro Colegio Cardenalicio.